W sytuacji nieodpłatnego przekazywania w ramach „operacji wycofania z rynku w celu bezpłatnej dystrybucji" wskazanym w ww. Rozporządzeniach Komisji podmiotom (m.in. organizacjom charytatywnym) owoców i warzyw przez producentów rolnych w zamian za przyznaną rekompensatę, w opinii resortu dochodzi do dostawy tych towarów.
W takim przypadku otrzymaną kwotę wsparcia finansowego z tego tytułu należy uznać za formę wynagrodzenia za przekazane tym podmiotom towary. Zgodnie bowiem z art. 29a ust. 1 ustawy o VAT podstawą opodatkowania, co do zasady, jest wszystko, co stanowi zapłatę, którą dokonujący dostawy towarów otrzymał od nabywcy lub osoby trzeciej (łącznie z otrzymanymi dotacjami, subwencjami i innymi dopłatami o podobnym charakterze mającymi bezpośredni wpływ na cenę dostarczanych towarów lub świadczonych usług). Podstawa opodatkowania nie obejmuje samego podatku VAT.
Ministerstwo Finansów zauważa, że przedmiotowe rekompensaty przybierają postać konkretnej kwoty za kilogram przekazanych wskazanym podmiotom owoców i warzyw, jako takie więc stanowią wynagrodzenie za przekazane towary. Nie stanowią one zatem dopłat o charakterze ogólnym, które pozostawałyby poza zakresem opodatkowania podatkiem VAT.
Do opodatkowania ww. czynności są zobowiązani producenci rolni będący podatnikami VAT czynnymi. Przekazane owoce i warzywa podlegają opodatkowaniu wg stawek VAT właściwych dla tych towarów. Przykładowo takie produkty rolne jak: ogórki, pomidory, marchew, cebula, ziemniaki (PKWiU 01.13) oraz jabłka, gruszki, śliwki, wiśnie i czereśnie (PKWiU 01.24) podlegają opodatkowaniu wg 5% stawki podatku od towarów i usług - na podstawie art. 41 ust. 2a w związku z poz. 1 i 4 załącznika nr 10 do ustawy o VAT.
Do ww. dostaw nie będzie miało zastosowania zwolnienie od podatku, o którym mowa w art. 43 ust.1 pkt 16 ustawy o VAT, dotyczy ono bowiem wyłącznie dokonywanych przez podatnika nieodpłatnie (w rozumieniu podatku od towarów i usług) przekazań towarów, w tym przypadku darowizn żywności przekazywanych na rzecz organizacji pożytku publicznego na warunkach określonych w tym przepisie. Natomiast ww. zwolnienie od podatku VAT nie dotyczy dostaw towarów za wynagrodzeniem, a takimi właśnie są przedmiotowe dostawy owoców i warzyw w zamian za środki finansowe otrzymane z unijnej pomocy finansowej.
Natomiast tzw. rolnicy ryczałtowi, którzy dokonują dostaw produktów rolnych pochodzących z ich własnej działalności rolniczej (a więc również w ramach bezpłatnej dystrybucji dla organizacji charytatywnych w zamian za wsparcie udzielane na podstawie ww. Rozporządzeń Komisji) nie będą odprowadzać podatku VAT z tytułu takich dostaw, rolnicy tacy korzystają bowiem ze zwolnienia od podatku VAT.
Resort Finansów podkreśla, iż w przypadku innych czynności, za wykonywanie których podatnicy otrzymują unijną pomoc finansową na podstawie ww. Rozporządzeń, takich jak wycofanie z rynku do celów innych niż bezpłatna dystrybucja (np. w celu zniszczenia), niezbieranie plonów i zielone zbiory, nie stanowią odpłatnej dostawy towarów i odpłatnego świadczenia usług, a także żadnej innej czynności wymienionej w art. 5 ust. 1 ustawy o VAT. Do czynności tych nie mają zatem zastosowania przepisy o podatku od towarów i usług, w związku z powyższym ww. czynności nie podlegają opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.